ЦИИ специализируется на прикладных исследованиях количественного характера. Круг тем охватывает макроэкономическое моделирование, взаимные инвестиции, взаимную торговлю, транспортную связанность, анализ деятельности региональных объединений, развитие трансграничной инфраструктуры, тренды трудовой миграции, общественное восприятие интеграции.
ЦИИ ведет многочисленные проекты и крупные постоянные исследования. Их организация, а также последующая публикация аналитических докладов осуществляются в рамках основных проектных направлений ЦИИ:
За 15 лет работы ЦИИ стал ведущим аналитическим центром по евразийской интеграционной проблематике. В партнерстве с признанными экспертами, научно-исследовательскими центрами и институтами было издано более 70 печатных и электронных аналитических докладов.
С 2008 по 2015 год под началом ЦИИ издавался ежеквартальный научно-аналитический журнал «Евразийская экономическая интеграция»
Журнал публиковал актуальные научно-аналитические статьи, рецензии на материалы по интеграционной проблематике, интервью и хронику региональной интеграции на русском языке.
За 8 лет существования в свет вышло:
Линейку периодических изданий дополняет ежегодный альманах Eurasian Integration Yearbook. В 6 сборниках, вышедших в свет в 2008–2013 годах, опубликованы на английском языке избранные статьи журнала «Евразийская экономическая интеграция», хроника региональной интеграции и другие материалы.